Frage Viewer Node und Render Result unterschiedlich.

[TripTilt]

cycles sollte da nichts finden und nach einem sample kein Interesse mehr an den transparenten Pixeln haben, das kostet dich so gut wie gar nix an Renderzeit einfach die render region wegzulassen. Die ist eben genau dafür da nur den ausgewählten bereich zu rendern.
wenns gar nicht anders geht renderst du ne PNG sequenz mit transparenz und klatschst das dann im VSE über den eigentlichen hintergrund... da musst du dann aber wieder neu platzieren da ja nur der ausschnitt gerendert wurde.